Ανακοινώθηκε και το πρόγραμμα του Απόλλωνα στους ομίλους του Κόνφερενς Λιγκ. Οι «γαλάζιοι» αρχίζουν με εκτός έδρα παιγνίδι κόντρα στην Βαντούζ και ολοκληρώνουν με την ομάδα από το Λίχτενστάιν στο ΓΣΠ. Δείτε αναλυτικά:
1η αγωνιστική 08/09 Βαντούζ – Απόλλων
2η αγωνιστική 15/09 Απόλλων – Ντνίπρο
3η αγωνιστική 06/10 Αλκμαάρ – Απόλλων
4η αγωνιστική 13/10 Απόλλων – Αλκμαάρ
5η αγωνιστική 27/10 Ντνίπρο – Απόλλων
6η αγωνιστική 03/11 Απόλλων – Βαντούζ