Η υγεία του, ωστόσο, επιδεινώθηκε. Τον τελευταίο καιρό, ο Αλέξης Κούγιας υποβαλλόταν σε μια ειδική θεραπεία προκειμένου να αντιμετωπιστούν κάποια προβλήματα για τυχόν μεταστάσεις.
Η είδηση ότι ο Αλέξης Κούγιας διαγνώσθηκε με καρκίνο έγινε γνωστή το καλοκαίρι του 2022 μέσω δικής του ανακοίνωσης στα Μέσα. Συγκεκριμένα στα τέλη Ιουλίου ο γνωστός ποινικολόγος εξέδωσε ανακοίνωση, στην οποία αποκάλυπτε ότι υποβλήθηκε σε εξάωρη χειρουργική επέμβαση για καρκίνο στους λεμφαδένες. Μάλιστα ο ίδιος ανέφερε ότι το ανακάλυψε κατά τη διάρκεια έκτακτου γενικού check up που έκανε τον Ιανουάριο του 2022 λόγω του τροχαίου που είχε τον Οκτώβριο του 2021.