Απεβίωσε στις 28 Ιουνίου 2006, από καρδιακή ανακοπή, την οποία υπέστη στο πλοίο κατά τη διάρκεια ταξιδιού στη Ρόδο, όπου θα πέρναγε τις διακοπές του με την οικογένειά του. Η κηδεία του πραγματοποιήθηκε στη Νέα Σμύρνη και η ταφή έγινε στο κοιμητήριο της πόλης.
Το φέρετρο του μπασκετμπολίστα σκεπάστηκε με μία σημαία του Πανιωνίου, ενώ οι οπαδοί του δεν σταμάτησαν ούτε λεπτό να τραγουδούν στη μνήμη του κατά τη διάρκεια της τελετής.
Κανείς ωστόσο δεν θα ξεχάσει και την «μαύρη» ημέρα της 28ης Απριλίου το 1993, όταν ο Σέρβος γκαρντ του Πανιωνίου εντελώς εκνευρισμένος και «θολωμένος» μετά από μία διαιτητική απόφαση σε αγώνα με τον Παναθηναϊκό, πήρε φόρα και χτύπησε με το κεφάλι του πάνω στη σιδερένια βάση της μπασκέτας, με αποτέλεσμα να σωριαστεί επί τόπου στο έδαφος.
Το επίσημο ιατρικό πόρισμα ήταν συντριπτικό κάταγμα και εξάρθρωση στον έκτο αυχενικό σπόνδυλο και η ζημιά, που προκλήθηκε, απεδείχθη ανεπανόρθωτη. Ο 30χρονος Μπόμπαν υποχρεώθηκε να σταματήσει πρόωρα την καριέρα του και δεν έπαιξε ποτέ ξανά μπάσκετ, ενώ πέρασε το υπόλοιπο της ζωής του καθηλωμένος σε αναπηρικό καροτσάκι.
Συνέχισε να ζει το υπόλοιπο της ζωής του στην Ελλάδα προσπαθώντας να προσαρμοστεί στην νέα πραγματικότητα με τη βοήθεια της συζύγου και της οικογένειάς του.
Με αφορμή την θλιβερή επέτειο του θανάτου του, ο Πανιώνιος δεν ξέχασε τον Μπόμπαν και δημοσίευσε σχετική ανακοίνωση στα social media της ομάδας:
«Ο Μπόμπαν δεν ήταν απλώς ένας σπουδαίος μπασκετμπολίστας. Ήταν μια ψυχή που δεν λύγισε ποτέ.
Ένας αθλητής που δεν άφησε ποτέ το χαμόγελο και την αξιοπρέπεια να χαθούν.
Η καρδιά του έμεινε όρθια. Μέχρι το τέλος, στις 28 Ιουνίου του 2006.
Στάθηκε πατέρας, αγωνιστής, άνθρωπος που αγαπήθηκε όσο λίγοι.
Ο Μπόμπαν θα είναι για πάντα ΣΥΜΒΟΛΟ του ΠΑΝΙΩΝΙΟΥ και μέρος της ιστορίας του ελληνικού μπάσκετ.
Μπόμπαν σ’ αγαπάμε, ποτέ δεν σε ξεχνάμε! Σε τιμούμε. Σε θυμόμαστε.»
